Základy letiska Košice boli položené na vojenskej základni. Počas dlhých rokov sa letisko využívalo pre účely vojenskej, osobnej a športovej leteckej prepravy.

História letectva, či skôr lietania v Košiciach, má už vyše sto rokov. 14. júna 1906 mali obyvatelia východoslovenskej metropoly po prvý raz možnosť vidieť, ako k oblohe stúpa balón naplnený plynom.

V roku 1910 sa v Krásnej nad Hornádom (dnes súčasť Košíc) konal prvý letecký deň, na ktorom sa predstavili tri lietadlá. V roku 1920 bolo zriadené prvé vojenské letisko (nachádzalo sa medzi dnešnou Južnou triedou a železničnou traťou), ktoré potom slúžilo aj civilným lietadlám.

Míľnikom pre Košice je 5. máj 1924, keď Československé státní aerolinie (ČSA) otvorili linku z Bratislavy do východoslovenskej metropoly. V roku 1925 sa na vtedajšom košickom letisku uskutočnil veľký letecký deň.

Po druhej svetovej vojne bolo letecké spojenie s Košicami obnovené v roku 1946, keď sa začalo lietať na linke Košice-Sliač-Bratislava-Brno-Praha. Pretože staré letisko už nevyhovovalo modernejším lietadlám, začalo sa v roku 1950 v oblasti za mestskou časťou Barca  s výstavbou terajšieho letiska.

O tri roky neskôr bola daná do prevádzky vzletová a pristávacia dráha dĺžky 2 000 metrov, rolovacie dráhy a vybavovacia plocha. V roku 1955 bola zavedená priama linka z Prahy do Košíc a späť, ktorá dostala prezývku Východoslovenský expres. V roku 1959 boli do Košíc premiestnené vojenské letecké školy, takže na letisku bola zmiešaná vojensko-civilná prevádzka. V rokoch 1974-1977 bola vzletová a pristávacia dráha predĺžená o 1 100 metrov.

Ďalšia rozsiahla rekonštrukcia dráh a vybavovacej plochy sa uskutočnila v rokoch 1992-1993. V roku 2001 sa začalo s výstavbou nového terminálu, ktorý bol otvorený v roku 2004 a v roku 2005 bol ocenený titulom Stavba roka 2005. V roku 2004 vznikla obchodná spoločnosť Letisko Košice – Airport Kosice, a.s., do ktorej v roku 2006 vstúpil strategický partner. V roku 2007 bola rozšírená vybavovacia plocha, čím sa zväčšil počet stojísk.